事情是这样的，刚开始接触GWAS就一定会接触到数据质量控制这个东西。我们可以看到网络上各种各样的指导，都是分为individual quality control and snp quanlity control。具体哪个优先，各有各的说法。结合陈文燕博主给的建议，主流行还是先进行individual QC再进行SNPs QC。接着，我们知道两部分QC各有多个小步骤，那么分析这些步骤的顺序应该怎么走才比较合适呢？我根据不同tutorial尝试了3种不同的办法，结果还是有区别。以下疑问是陈文燕博主帮忙解答的，再次表示感谢。博主的博客就是宝藏，有入门的小白建议多看看，链接：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/11803311.html 。
一、 方法1（基因公司imputation前质控步骤）：
指令：plink --bfile data --mind 0.1 --geno 0.05 --maf 0.01 --hwe 0.0001 --make-bed --out data_qc.
查看日志文件可见：
3. 问题：
（1） 同样一长串的方法，我将指令改为：plink --bfile data --chr 1-22 --geno 0.05 --hwe 0.0001 --maf 0.01 --mind 0.1 --make-bed --out qc2.结果一样。接着换成：plink --bfile data --mind 0.1 --hwe 0.0001 --geno 0.05 --maf 0.01 --chr 1-22 --make-bed --out qc3.结果与qc1\qc2都是一样的(479367个SNP和1189个体)。也就是说如果一次性输入一长串质量控制指令，无论顺序是怎样的，结果都一样?
答案：是的，一长串命令上去以后，PLINK 会按照他们默认的顺序执行命令。
（2） 上述三个指令，我们在日志log中的分析过程都可以看到，它是按照--chr --mind --geno --hwe --maf对结果进行一步一步的展示。
（3） 是不是平时真实分析步骤都是一连串直接写上去的？答案：是的。
二、 方法2（根据方法1的log展示的分析步骤，每个指令一步一步进行）：
我按照这样方法1 日志展示的步骤进行一步一步分析：
1) plink --bfile data --chr 1-22 --make-bed --out step1
2) plink --bfile step1 --mind 0.01 --make-bed --out step2
3) plink --bfile step2 --geno 0.05 --make-bed --out step3
4) plink --bfile step3 --maf 0.01 --make-bed --out step4
5) plink --bfile step4 --hwe 0.0001 --make-bed --out step5
2. 得出的结果是：479367个SNP和1189个体（与方法1相同）。
三、 方法3（用方法2相同阈值，但步骤不同）：
1. 我按照这样方法1 日志展示的步骤进行一步一步分析：
1) plink --bfile data -- geno 0.05 --make-bed --out step1
2) plink --bfile step1 -- maf 0.01 --make-bed --out step2
3) plink --bfile step2 -- hwe 0.0001 --make-bed --out step3
4) plink --bfile step3 -- chr 1-22 --make-bed --out step4
5) plink --bfile step4 -- mind 0.01 --make-bed --out step5
2. 得出的结果是：479811个SNP和1153个体（与方法1和2完全不同）。
原因：这个步骤和“方法1和2”的区别在于方法3是先进行SNP QC ，再进行样本QC
四、问题：
1. 我看群主的帖子步骤是：
1） 先--mind --het --check.
2） 然后--hwe --geno --maf.
2. MAT的GWAS_Tutorial-master的步骤又不一样：
--geno --mind --sex --maf --hwe --het.