对软件，尤其是大型商业软件及多媒体软件(包括游戏)的支持一直是Windows的强项，无论是MacOS还是Linux在近期内都很难憾动Windows在这一领域的霸主地位。Windows庞大的应用软件支持是大多数用户即使心怀不满，也不得不继续使用Windows的一个重要原因。Linux所拥有的软件虽然为数也不少，而且有些软件(比如GIMP,StarOffice等)的开发是以Windows下相应的商业软件为竞争对象的，但是在功能上这些软件要真正达到可以替代Windows软件的程度还有相当一段路要走。免费和公开源代码软件是Linux的灵魂，也是很多人喜爱Linux的原因，但是缺乏足够的高质量商业软件的支持已经成为Linux与Windows竞争桌面操作系统市场时的重大障碍。在这方面Linux面临一个两难局面：一个操作系统要吸引商业软件开发者就得要有足够多的用户(尤其是公司用户)。原因很简单，有用户才有利润。但另一方面，一个操作系统要想吸引足够多的用户(尤其是公司用户)，就得要有足够多高质量的软件(包括商业软件)。这是一个典型的先有鸡还是先有蛋的问题。从目前的形势发展来看，打破局面的最可能途径是软件公司愿意做前瞻性的开发，从而产生一个良性的推动。
这里需要做一点补充说明：对于相对小型的软件的支持Linux并不逊色，一个完整安装的LinuxDistribution不仅比Windows带有品种远为齐全的软件，而且各常用类型的软件，诸如email，FTP，IRC，浏览器等均有四五种以上可供选择(有时反而让初用者手足无措)。