图5 KDE2.0拥有丰富的应用软件，实力明显超过GNOME。
GNOME 的转机来自于商业公司的支持。当时Linux业界的老大RedHat很不喜欢KDE/Qt的版权，在GNOME项目发起后RedHat立刻对其提供支持。为了促进GNOME的成熟，RedHat甚至专门派出几位全职程序员参与GNOME的开发工作，并在1998年1月与GNOME项目成员携手成立了 RedHat高级开发实验室。1999年4月，Miguel与另一名GNOME项目的核心成员共同成立Helix Code公司为GNOME提供商业支持，这家公司后来更名为Ximian，它事实上就成为GNOME项目的母公司，GNOME平台上的Evolution 邮件套件便出自该公司之手。进入2000年之后，一系列重大事件接连发生，首先，一批从苹果公司出来的工程师成立Eazel公司，为GNOME设计用户界面和Nautilus（鹦鹉螺）文件管理器。同年8月，GNOME基金会在Sun 、RedHat、Eazel、Helix Code（Ximian）的共同努力下正式成立，该基金会负责GNOME项目的开发管理以及提供资金，Miguel本人则担任基金会的总裁。此时，GNOME获得许多重量级商业公司的支持，如惠普公司采用GNOME作为HP-UX系统的用户环境，SUN则宣布将StarOffice套件与 GNOME环境相整合，而GNOME也将选择OpenOffice.org作为办公套件，IBM公司则为GNOME共享了SashXB极速开发环境。同时，GNOME基金会也决定采用Mozilla作为网页浏览器。KDE阵营也毫不示弱，在当年10月份推出万众瞩目的KDE 2.0。KDE 2.0堪称当时最庞大的自由软件，除了KDE平台自身外，还包括Koffice办公套件、Kdevelop集成开发环境以及Konqueror网页浏览器。尽管这些软件都还比较粗糙，但KDE 2.0已经很好实现了Matthias Ettrich成立KDE项目的目标。也是在这个月，TrollTech公司决定采用GPL公约来发行Qt的免费版本，希望能够以此赢得开发者的支持。这样，Qt实际上就拥有双重授权：如果对应的Linux发行版采用免费非商业性的方式进行发放，那么使用KDE无须向TrollTech交纳授权费用；但如果Linux发行版为盈利性的商业软件，那么使用KDE时必须获得授权。由于TrollTech是商业公司且一直主导着KDE的方向，双许可方式不失为解决开源与盈利矛盾的好办法。TrollTech宣称，双许可制度彻底解决了KDE在GPL公约方面的问题，但RedHat并不喜欢，RedHat不断对 GNOME项目提供支持，希望它能够尽快走向成熟，除RedHat之外的其他Linux厂商暂时都站在KDE这一边，但他们同时也在发行版中捆绑了 GNOME桌面。
在2001-2002年，火热一时的Linux运动开始陷入低潮期，几乎所有的厂商都发现桌面Linux版本不可能盈利，而易用性的不足也让业界不看好Linux进入桌面的前途。但在服务器市场，Linux发展势头非常迅猛，直接对UNIX和Windows Server造成威胁。不过，秉承自由软件理念的开发者们并不理会外界的论调，他们一直将Linux桌面化作为目标，GNOME项目和KDE项目都在这期间获得完善发展。2001年4月，GNOME 1.4发布，它修正了之前版本的Bug，功能也较为完善，但在各方面与KDE依然存在差距；同年8月，KDE发展到2.2版本。2002年4月，KDE跳跃到3.0版本，它以Qt 3.0为基础，各项功能都颇为完备，具备卓越的使用价值；两个月后，GNOME阵营也推出2.0版本，它基于更完善的GTK 2.0图形库。进入到2003年后，KDE与GNOME进入真正意义上的技术较量。1月份，KDE 3.1推出，而GNOME 2.4则在随后的2月份推出，两大平台都努力进行自我完善。也是在这一年，Linux商业界出现一系列重大的并购案：1月份，Novell公司宣布收购德国的SUSE Linux，而SuSE Linux是地位仅次于RedHat的全球第二大Linux商业企业；8月，Novell接着将GNOME的母公司Ximian收归旗下。这两起并购案让 Novell成为实力与RedHat不相上下的强大Linux企业，而Novell和RedHat就成为能够影响Linux未来的两家企业。在图形环境上，SuSE一向选择KDE，并在KDE身上投入相当多的精力，在被Novell并购后，SuSE的桌面发行版尽管还侧重于KDE，但同样不喜欢Qt授权的Novell已经开始向GNOME迁移。