完成了安装、配置，FreeBSD基本上就算装完了。不过，目前为止没有哪个通用操作系统能够保证“bug-free”，FreeBSD也一样。在重新启动之后，我们需要做一些调整；并且，通过重新配置内核，我们可以得到一个更小、更快的操作系统。
第一步要做的是同步源代码。FreeBSD是一套开放源代码的操作系统，它的全部源代码都可以通过cvsup与中央cvsup服务器，或它的某个镜像同步。
cvsup是一个可选的package，同样的，它也可以从ports里面安装(/usr/ports/devel/cvsup和/usr/ports/devel/cvsup-nogui)。考虑到许多应用程序都依赖X的库文件，在前面安装的部分我安装了它，并且直接安装了cvsup的package。
不过，如果你有足够的耐心去一个一个地make需要的ports，那么先安装ports collection，然后make cvsup-nogui也是一个不错的主意，尽管这需要比较长的时间。
创建一个用于cvsup(1)的supfile，命名为stable-supfile：
*default host=ftp.bjpu.edu.cn
*default base=/usr
*default prefix=/usr
*default release=cvs tag=RELENG_4
*default delete use-rel-suffix
src-all
ports-all tag=.
随后执行
cvsup -g -L 2 stable-supfile
这里需要稍微解释一下FreeBSD的几种版本。
FreeBSD包括3类分支：-RELEASE，-STABLE和-CURRENT。FreeBSD 3.x、4.x和5.0是目前受到维护的版本，如果你期待稳定运行，那么，可以选择的最新版本将是FreeBSD 4.6-STABLE(如果你是在4.6.2-RELEASE发行之后更新的，那么它实际上比4.6.2-RELEASE新，并且，它正式的CVS tag是RELENG_4，即FreeBSD 4-STABLE)。
那么，三类分支有什么区别呢？
FreeBSD的开发是非常活跃的。系统中可能会随时引入一些新的特性。最新的代码是在-CURRENT分支中引入的。-CURRENT的修改非常频繁，每天都可能有数百处修改。
使用-CURRENT分支的FreeBSD需要耐心和勇气，因为你的系统随时可能崩溃(随着FreeBSD 5.0开发尾声的接近，这种现象已经越来越少)，make world也可能空手而归(没有人保证-CURRENT分支能够正常编译)，此外，这个分支的性能也不好(因为调试的原因，这个分支引入了大量的调试选项，这意味着运行速度不会太快)。
当然，正像它的名字那样，-CURRENT分支的版本也是最新的5.0，而且，一切FreeBSD的错误和漏洞的修正都是首先在-CURRENT分支引入的。
目前，-CURRENT分支硕果仅存的只有FreeBSD 5-CURRENT(指定cvs tag时写“.”)，这个分支包括了FreeBSD 5.0开发的最新进展。