贾庆才的书面证明说：“我与贾相军、马��在1991年5月20日一起睡在家电公司闸口仓库。马XX夜班回来，大约晚11时左右听到敲门声，我让贾相军拿钥匙给马��开的门。第二天早上大约8时，我给马��开门走了，我和贾相军又睡了会儿。”马某的说法与之基本类似。
今年6月18日接受中国青年报⋅中青在线记者采访时，贾庆才再次印证了上述说法。
为什么27年前的证言与此相反？贾庆才解释，自己当年被迫作出了虚假供词。他表示，自己被拘留了一个多月，期间被警察“用脚踹”“用巴掌扇”。他在接受审问时被要求“跪下”，对面坐着4名警察，面前摆着扎满铁丝的木板、手铐、手枪。在贾相军当晚究竟身在何处的问题上，他一开始的回答未令警方“满意”，有警察说，“其他人说他没在仓库住，咋就你说住了？”大概僵持半个月后，他改了口供。
贾庆才还表示，27年来，从未有官方人员与他重新核实贾相军的不在场证明。
有没有刑讯逼供？
聊城中院的结案报告显示，除了上述证词和受害人的尸检报告，其余两项证据为“现场勘查、尸体检验笔录及在现场发现的证据与被告供述基本吻合”，“被告人贾相军对犯罪事实供认不讳”——在未见到案卷的情况下，贾相军的律师认为，这两项证据均高度依赖于贾相军本人当年所作的有罪供述。
但贾相军如今强调，自己当年是在刑讯逼供下作出了有罪供述。
《聊城日报》记载，对贾相军的审讯，从6月24日持续“攻坚”至7月。
根据贾相军的说法，在那段时间里他“被打得想死，吞玻璃自杀都没成”。最终他按照刑警“提示”作了口供，警方还拿出一些物证逼他辨认；上庭前，有警察警告他，如果翻供，“回来把你剥一层皮”。
1991年7月与贾相军关押在同一看守所的肖某、孙某和柳某，1992年又与贾相军在同一监狱服刑。当时，应贾相军的要求，3人均写下证明材料，证明被羁押审讯时的贾相军伤痕累累。
这些材料对贾相军的描述包括：“身上青一块，紫一块，腚上都成了黑色，嘴里一颗牙被打得掉了一块。”“两眼发呆，经常说梦话，说‘打死我算了’。”“下巴有一个很长的口子，流着血，掉了不少头发。”
贾相军还指出，从法院报告来看，仅有的物证之中也有诸多靠不住的地方。比如警方曾拍下他“右臂上的伤痕”，作为他强奸受害人时搏斗留下的痕迹。但实际上，他的伤痕是在左臂，且是4月与贾庆才玩闹时所致。
贾庆才则证明，贾相军的左臂的确曾在4月受伤，而他之所以知道，是因为他用面粉帮忙处理了伤口。
另一个被贾相军高度质疑的物证，是现场勘查时记录的一双鱼塘底的脚印，与贾相军的脚印大小不一致，左脚相差0.5厘米。
2015年，《京华时报》报道了聊城中院一名退休法官的说法。该法官称，1997年最高人民法院曾发函，要求查清该案疑点；聊城中院受理贾家的申诉时，合议庭及告申庭的法官也认为此案事实不清，证据不足，应按疑罪从无改判无罪，其中总结出7个问题疑点。这双物证脚印就曾引起最高人民法院和负责复核的聊城中院合议庭的质疑。
2014年开始担任贾相军代理律师的杨学林和周泽认为，这起案子的证据严重不足。
杨学林发现，山东高院1991年的核准报告中记录，当年受害人体内检测到了精斑，但因量少且浸水，未能检测出血型。他认为，在最有力的直接证据缺失的情况下，其他证据必须更加充分。可在本案中，口供涉嫌逼供，物证不足，其他证据也有问题。
例如根据两份报告和贾相军的回忆，当时警方竟未带贾相军指认现场；聊城中院结案报告中称“现场发现的证据与供述基本吻合”，也并未讲明口供与发现物证的先后顺序。杨学林认为，在不排除非法审讯的情况下，如果先取得物证再获取口供，可信度可能大大降低。
针对贾相军等人关于遭到逼供的说法，中国青年报⋅中青在线记者联系了聊城市公安局和聊城中院。当年负责审讯贾相军的付强警官退休前任聊城市公安局政委，他表示需经公安局联系采访工作。记者就此与聊城警方沟通，未能获得安排。
记者拨通了另一位当年参与审讯的刘凤金警官的电话，表明采访请求，接电话者称刘“老了，聋了，听不见”，随后挂断电话。