以党的十六大召开为标志，我国进入全面建设小康社会的发展新阶段。立足于坚持以人为本、推动科学发展、加强社会建设的大局，党在继续高度重视宗教的意识形态属性、抵御渗透、抑制宗教消极作用的同时，更加重视宗教的社会属性，倡导发挥宗教的积极作用。2006年7月，胡锦涛在第二十次全国统战工作会议上，首次提出在我国的社会政治生活领域，要发挥统一战线优势，将宗教关系与政党关系、民族关系、阶层关系和海内外同胞关系并列为涉及党和国家工作全局的5个重大社会政治关系，并强调正确认识和处理信教群众和不信教群众、信仰不同宗教群众之间的关系，积极引导宗教与社会主义社会相适应。2007年党的十七大报告在论述坚定不移发展社会主义民主政治时，强调壮大爱国统一战线，团结一切可以团结的力量。进一步把促进包括宗教关系在内的“五大关系”的和谐纳入全党全国工作大局中统筹规划部署，使之成为党的总任务、总政策的有机组成部分。同时也将促进宗教关系和谐置于壮大爱国统一战线、调动一切积极因素、构建社会主义和谐社会的大背景下，要求“全面贯彻党的宗教工作基本方针，发挥宗教界人士和信教群众在促进经济社会发展中的积极作用”，显示了党同宗教界爱国统一战线更加巩固并发展到更加宏大的社会政治格局层面。
第四阶段：规范提升（十八大以来至今）
当今世界正处于大发展、大变革、大调整时期，各种思想文化利益关系相互激荡，交流交融交锋日益频繁复杂突出。党的十八大以来，以习近平为核心的党中央从治国理政的高度对统一战线工作和宗教工作进行密集部署，召开重要会议，下发法规文件，狠抓贯彻落实。
党的十八大报告指出，“统一战线是凝聚各方面力量，促进政党关系、民族关系、宗教关系、阶层关系、海内外同胞关系的和谐，夺取中国特色社会主义新胜利的重要法宝。”第一次将统一战线作为中国特色社会主义中的法宝作用写进党的全国代表大会报告，从宗教关系上看，既是对改革开放以来巩固和发展党同宗教界的爱国统一战线的肯定，又对在新的历史条件下巩固和发展党同宗教界的爱国统一战线寄予厚望。
2015年5月中央统战工作会议召开。首次将全国统战工作会议改称为中央统战工作会议，体现中共中央对包括党的宗教工作在内的统一战线工作的高度重视。同月，颁布实施党的历史上首部《中国共产党统一战线工作条例（试行）》，以党的法规形式明确宗教界人士为统一战线工作范围和对象，规范了党的宗教工作方针政策，明确了党委统战部门的宗教工作职责。
2016年4月，中央在时隔15年后召开第十二次全国宗教工作会议，习近平总书记在讲话中强调辩证把握宗教“五性”及社会作用两重性的特征，牢牢掌握宗教工作主导权，要构建积极健康的宗教关系，进而指出，“处理我国宗教关系，必须牢牢把握坚持党的领导、巩固党的执政地位、强化党的执政基础这个根本。” 从加强和改进党对宗教工作的领导的战略高度，首次明确指出，在爱国主义、社会主义旗帜下，同宗教界结成统一战线，是我们党处理宗教问题的鲜明特色和政治优势。
2018年2月，党的十九届三中全会通过的《深化党和国家机构改革方案》，明确中央统战部统一管理宗教工作，将国家宗教事务局并入中央统战部，而对外保留国家宗教事务局牌子。强化党的统战部门宗教工作职责配置，标志着巩固和发展党同宗教界的爱国统一战线的理论政策实践提升到新的境界，也对巩固和发展党同宗教界的爱国统一战线提出了新任务、新要求。
理论的清醒指导行动的坚定。各级党委切实巩固和发展党同宗教界的爱国统一战线，支持爱国宗教团体加强领导班子建设、工作机构建设、组织建设、制度建设和宗教界代表人士队伍建设，实现了宗教团体领导班子的新老交替，为发挥宗教团体积极作用增添了活力。宗教界坚持宗教中国化方向，努力对教义教规作出契合国情和时代要求的阐释，积极从事公益慈善活动，自觉抵制极端主义。相关最新数据显示，全国宗教教职人员38万余人，宗教团体约5500个，宗教院校增至91所，约有2万名宗教界人士担任了各级人民代表大会和政治协商会议的代表、委员，积极参政议政，中国信教公民和不信教公民相互尊重、和睦相处，共同为实现中华民族伟大复兴的中国梦贡献力量。