株式会社类智库组织一般为营利性智库，架构通常按照现代企业进行设置。以已经在东京交易所上市的野村综合研究所为例，其最高权力机构为股东大会，下设董事会与监事会。董事会下设社长，负责企业经营。
财团法人智库为日本独有的智库类型。日本的财团法人一般为慈善组织，以日本国际问题研究所为例，其性质为公益财团法人，一般由评议委员会、理事会、监事、会长及会长下设管理团队组成。
日本的官方智库也颇具特色，直接围绕着该隶属部门进行研究，管理架构通常十分扁平，以经济社会综合研究所（ESRI）为例，其直接受内阁管辖，下设所长、次长、总务部、总括政策研究官、情报研究交流部、商情统计部、国民经济计算部、经济研修所。隶属于日本防卫省的防卫研究所的构成也较为类似。
（二）人才机制
与美国等西方智库不同的是，日本智库的人员呈两级分化趋势，这个特点与日本智库的组织结构的构成相关。类似于野村综合研究所、三菱综合研究所等株式会社制企业型智库的员工数量与其他类别智库的员工数量不在一个级别之上。野村综合研究所2019年财报显示其约有6300名员工。与株式会社类别智库所不同的是，其他类型的智库人员规模非常精炼。据日本综合研究开发机构（NIRA）调查显示，在接受调查的250个日本智库中，70%以上的智库规模在20人以下。[14]美国智库大都拥有不少行政、财务、市场、媒体等辅助部门人员，日本智库的研究人员占比更高，有不少甚至占比在80%以上，几乎没有任何冗余的职位。
在“宁缺毋滥”的用人理念指导下，日本对研究人员的质量要求非常之高。部分著名智库用人近乎苛刻，以亚洲经济研究所（IDE）为例，每年仅录取2-4人，但参与竞选职位的竟高达百人[15]。其在职员工的考核要求也极为严格，每年需发表一定数量论文，研究成果直接与薪酬挂钩。与高要求相匹配的是，日本智库研究人员的工资也极富竞争力。以三菱综合研究所招聘2020年度管理、IT、金融等领域的研究员为例，除去相应补贴外，应届毕业博士生、硕士生和本科生的月薪分别为30万、26万、23万日元（分别约为1.95万、1.69万、1.3万人民币），比日本同学历毕业生平均月薪至少高3万日元（1950元人民币）左右。[16]同时，日本智库还实行“人才派遣”制度，将青年研究员派遣至日本国内，乃至国际其他政府、企业及高校等地进行1-3年不等的研学，期间由智库负担其工资并保留其职位，学成后返回智库进行研究工作。同时，日本智库也非常欢迎来自政府机构、高校等相关人员到智库进行交流和学习，期间工资由原单位支付。
（三）经费来源机制
日本不同类型的智库经费来源渠道各不相同，但基本上与其所属性质一致。株式会社类经费一般来源于项目委托和业务销售。以三菱综合研究所（MRI）为例，三菱集团作为其大股东，旗下三菱商事、三菱重工、三菱电机、三菱化学、三菱材料、三菱FUJ信托银行、三菱地所等三菱系公司一共持股约33.95%。与野村综合研究一样，三菱综合研究所作为上市公司，2018年净销售额902.5亿日元（约为58.7亿人民币），净资产532.84亿日元（约为34.65亿人民币）。其中咨询业务占销售总额的38%，而在咨询业务中，又有61%的销售额来源于日本政府，30%来源于一般企业。[17]
非盈利性非政府组织中，如日本国际研究所（JIIA）的收入来源较为多样，其中包括了政府补助（占比70.5%）、会费收入（占比5.7%）、项目委托收入（占比23.28%）、出版收入（占比0.26%）等[18]，可见其主要收入来源于政府补助。