这里有个介绍Illumina测序原理的视频（3分钟），强烈推荐打开看一看，对理解二代测序原理将有很大的帮助：
2.4 三代测序技术虽然目前测序市场还是以二代测序技术为主要占有者，但是新的测序方法也不短出现。以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies的纳米孔单分子测序技术为标志，被称之为第三代测序技术。与前两代相比，最大的特点就是 单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增，超长读长，以PacBio SMRT技术的测序读长为例，平均达到10Kb-15Kb，是二代测序技术的100倍以上。
第二代测序技术的优点是通量大大提升，成本大大减低，使得昔日王榭堂前燕，可以飞入寻常百姓家。总之，只有变成白菜价，才能真正对大众有意义；但它的缺点是所引入PCR过程会在一定程度上增加测序的错误率，并且具有系统偏向性，同时读长也比较短。第三代测序技术是为了解决第二代所存在的缺点而开发的，它的根本特点是单分子测序，不需要任何PCR的过程，这是为了能有效避免因PCR偏向性而导致的系统错误，同时提高读长，但这个技术还不是很成熟，需要再进化，成本也偏高。
3 云计算与基因测序 3.1 测序重组的计算回到当前最普遍的二代测序技术。从测序原理可以知道，整个过程就是先目标打碎，然后重新拼接还原的过程。好比给你一副拼图，先打散，再照着封面参考图重新把图拼起来。听着很比较简单，我们仔细打开来看一看。
拼图片数巨大。基因链的长度是非常的长的，30亿bp。而每个小片段只有150bp，也就是一条链就会有至少1千万片的片段。
好几副拼图凑一起。测序过程中，需要将同一条链，进行复制，这样打碎后还原，可以保证结果可以覆盖目标基因链的绝大部分。
重叠的拼图片。由于测序仪的1和2步骤，导致会存在大量重复片段
缺少部分拼图片。测序化学试剂原因，测序后期的精度降低，导致部分低质量的结果是要被丢弃，不能参与还原过程的。
存在干扰拼图片。由于每一个人的基因肯定会有不同，所以目标基因与参考组肯定会存在差异。另外，采样的时候，也许会有其他细菌杂志干扰。
拼图本身就存在重复。同一条基因链中，本身就存在大量的重复序列。
以上整个过程，好比给你一座堆满了拼图片的大山，让你拼一幅图出来。这个工作量，你懂的。这里找了一个比较合适图，各位感受一下：
于是，重点来了。还原整个拼图的过程，就是使用计算机，开始各种算法，各种运算。
这里我们打开局部组装的细节看一看：
一开始由测序仪随机打断，然后软件进行“对齐”，对齐之后，需要“去重”，去重之后，再进行“合并”。最终得到想要测序的目标序列的顺序。
同时，关于拼图还原的方法，也是百家争艳。你喜欢先拼局部，我喜欢全图先找位置。各种软件各种版本，纷至沓来。。。